Snakemake: RuntimeError stabel spor mangler ved bruk av Python fileConfig ()

stemmer
0

Jeg har en snakefile med en regel som importerer en lokal Python-skript og deretter reiser en RuntimeError. Når jeg kjører snakefile, stabelen spor for den RuntimeErrorer ikke vist. Koden og snakemake utgang er vist nedenfor.

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')
// test.py
import logging
import os
from logging.config import fileConfig

log_file_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), 'logging_config.ini')
fileConfig(log_file_path)

hello = 'hello'

snakemake utgang:

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Men hvis jeg kommentere ut linjen fileConfig(log_file_path)i test.pyog kjøre snakemake er RuntimeError stakksporingen skrives ut som forventet:

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File /my-dir/test.snakefile, line 5, in __rule_test_rule
  File /usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py, line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Noen som vet hvorfor dette skjer?

Publisert på 14/01/2020 klokken 00:02
kilden bruker
På andre språk...                            


1 svar

stemmer
0

Dette problemet har å gjøre med hvordan loggingmodulen ble definert i test.py, og hvordan de ble importert i Snakefile. Etter oppsettet skal fungere. Vennligst merk kommentarer inne kodeblokken for beskrivelse av modifikasjoner.

test.py

import logging
import os
from logging.config import fileConfig

fileConfig('logging_config.ini')
logger = logging.getLogger(__name__)   # assigns to "logger", through which logs are passed. 
logger.info('test.py debug msg')   # example log message

hello = 'yo yo yo'

Snakefile

rule test_rule:
    run:
        from test import hello, logger.   # imports both hello and logger
        print(hello)
        print (logger)

        logger.exception("Exception occurred")   # error log that would capture stack traces, if any. No stack trace in this example.
        raise SystemExit(1)     # exits with non-zero error

logging_config.ini - samme som postet i spørsmål.

I dette oppsettet, variable helloog klasse loggerblir importert til regelen test_rule, og deres logging utgang blir skrevet inn i filen /tmp/experiments.log, slik det er konfigurert i logging_config.ini.

Svarte 23/01/2020 kl. 07:26
kilden bruker

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more